Недалеко от Ботанического сада им. Николая Гришко, на теперешней улице Мичурина, в начале 1910-х годов были найдены и открыты таинственные древние Зверинецкие пещеры. Основаны они были еще во времена Киевской Руси. Во времена монгольского нашествия тут погибли киевляне и монахи монастыря. Их останки были найдены много столетий спустя, когда археологи раскрыли пещеры во время раскопок.
В древних летописях топоним Зверинец не встречается. Одно из самых ранних документальных свидетельств об этой местности есть в ''Географическом описании Киева" 1784 года, составленном поручиком Киевского гарнизона Василием Ивановичем Новгородцевым. При описании Киевской крепости он упоминает о шестой по счету церкви на Печерске — во имя Иоанна Предтечи — состоящей при ''слободе Зверинец''. В те времена это была небольшая живописная деревушка из 37 дворов. Она раскинулась по правую сторону Наводницкого ручья на склонах одноименной долины при Святом озере, до наших дней не сохранившегося.
Воссозданный Красный двор на территории Ботанического сада им. Н. Гришко
Лишь в третий период исследования монашеских пещер — в начале 1990-х годов — было сделано сенсационное открытие. Тогда обнаружили надписи с именами Зверинецких игуменов, и выяснилось, что этот топоним существовал еще в ХІ веке. Часть исследователей отождествляет Зверинец с Красным двором, упомянутым преподобным Нестором в "Повести временных лет". Красный двор был загородной резиденцией киевских князей, и, по всей видимости, рядом находились угодья, где они охотились на диких зверей. В те же времена был основан Выдубицкий монастырь, так что можно предположить, что Зверинецкий подземный монастырь возник как его скит. В дальнейшем все его насельники погибли страшной смертью — археологи обнаружили тут много скелетов в неестественных позах. Ученые предполагают, что это могло произойти во время одного из набегов половцев или печенегов либо на несколько столетий позже, когда в 1240 году Киев захватили монгольские полчища. Красный двор, вероятно, был уничтожен тогда же.
Выдубицкий монастырь. 1860-е годы
Лишь Выдубицкий монастырь смог пережить разорение и возродиться. Урочище Зверинец продолжало существовать как небольшая деревушка с церковью. В 1810 году здесь начались большие земляные работы, связанные с сооружением Зверинецкой крепости. Она призвана была усилить огневые позиции Лаврской твердыни при угрозе войны с Наполеоном. Еще более чем полстолетия спустя было обустроено Зверинецкое кладбище, где в первую очередь хоронили монахов Свято-Троицкого Ионинского монастыря. И вот тогда-то, в конце ХІХ века, и состоялось открытие поруганной и утраченной святыни.
Впервые после долгого забытья Зверинецкие пещеры обнаружили в октябре 1888 года. Но поскольку территория, где нашли провал в подземную улицу, принадлежала военному ведомству, продолжить полноценные раскопки не удалось. Вход то ли обвалился, то ли специально был засыпан военными.
Вид откоса с пещерами перед началом раскопок 1912 года
Лишь два десятилетия спустя удалось продолжить археологические изыскания. Этому предшествовало интересное событие. Одной пожилой женщине, проживавшей на улице Ломаковской (ныне Мичурина) приснился странный сон — сотни мертвецов, покоившихся в пещерном лабиринте. Она в ужасе проснулась, побежала в ближайший храм на территории Свято-Троицкий Ионинского монастыря и заказала панихиду об убиенных. Случай стал известен общине, и было решено вновь приступить к поискам утерянных пещер. Монахи обнаружили проломы в грунте и начали раскопки. Были приглашены и авторитетные ученые, в числе которых известный историк Иван Каманин.
Активное участие в раскопках принимал князь Владимир Жевахов, впоследствии принявший постриг как отец Иоасаф. В 1937 году он погиб в застенках НКВД, а в 2002 году определением Священного Синода Русской православной церкви причислен к числу святых мучеников. Князь был одним из главных вдохновителей и меценатом всех работ на Зверинце в 1911 году. Во время раскопок было выявлено несколько подземных улиц с останками свыше 200 человек и предметами христианского обряда. После расчистки и укрепления подземелий Зверинецкий скит ненадолго возродился, сюда начали совершать паломничества. В 1913 году почти одновременно вышли две книги, посвященные Зверинецким пещерам и работам по их возрождению. Одну написал археолог Иван Каманин, вторую — инженер и археолог, организатор раскопок Александр Эртель.
Взрыв на Зверинце. 6 июнь 1918 года
Обретенная святыня вновь начала служить людям, но сильно пострадала после взрыва артиллерийских складов в Зверинецком укреплении летом 1918 года. Тогда скит выстоял, а после победы воинствующих безбожников-большевиков вновь был закрыт. Новые хозяева разобрали наземные постройки и завалили входы в пещеры. На долгие годы воцарилась антирелигиозная вакханалия. Так, по словам старожилов, в своды подземелья врезали выгребные ямы для туалетов близлежащих домов частного сектора.
В 1960-е годы предприняли вторую попытку раскопок. Основными работами занимались воспитанники киевской спелеологической школы Дворца пионеров. Но это была, скорее, разведка, нежели полноценные работы. Правда, удалось добиться того, что в 1969 году пещеры получили статус памятников археологии. К полноценным раскопкам ученые смогли приступить только в независимой Украине.
Строительство храма
После окончания исследований пещеры передали церкви, и Зверинецкий скит возродился в виде самостоятельного Архангело-Михайловского Зверинецкого монастыря. В 1997 году в подземной церкви св. Михаила было проведено первое богослужение. Спустя еще десять лет приступили к постройке наземных храмов. Сегодня возрожденный монастырь ежедневно принимает сотни паломников и экскурсантов.