Каменная церковь Зачатия Святой Анны появилась в 1679 году, ее "житель Печерского местечка Александр Новицкий соорудил на свои средства". Это первое капитальное здание над Дальними пещерами было построено у входа в пещеры, на не самом выгодном с градостроительной точки зрения месте. Вероятно, так произошло, потому что верхнюю площадку тогда занимал еще не пришедший в ветхость деревянный храм. Первоначально Анно-Зачатиевская церковь, окруженная деревянной крытой галереей, имела три купола. Через сто лет из-за оползней каменные купола и своды пришлось разобрать и заменить деревянной крышей с одним куполом, а стены укрепить контрфорсами. Двускатная кровля и единственный грушевидный куполок сделали это сооружение очень похожим на жилой дом. Крышу церкви неоднократно ремонтировали, пока, в конце концов, в самом конце ХІХ века не заменили старинную гонтовую (из деревянных дощечек) кровлю железной. Тогда же позолотили купол. Однако в начале XIX века в кладке вновь появились опасные трещины, после чего было принято решение капитально перестроить храм. Вначале на столбах укрепили деревянную крышу, потом полностью до фундамента разобрали старые стены и возвели новые. После завершения строительных работ внутри соорудили бронзовые престол и жертвенник с серебряными коваными украшениями. Церковь преобразовали в теплую (отапливаемую). А вот новейшая реконструкция понадобилась уже в наше время. Ее проводили в течение пяти лет, и в 2008 году митрополит Владимир освятил отреставрированный храм. В Анно-Зачатиевской церкви хранится древняя икона св. Николы Доброго, которая прежде находилась в одноименной церкви на Подоле, а после ее уничтожения была спасена Праведником мира о. Алексеем (Глаголевым) и позже передана его родными в Киево-Печерскую лавру.
Анно-Зачатиевская церковь на Дальних пещерах. 2000-е годы
Вторая церковь над Дальними пещерами — Рождества Богородицы — выдающийся памятник архитектуры украинского барокко конца XVII века. Она была сооружена на Дальних пещерах на месте, где с XI по XVII столетия стояли деревянные храмы, сменявшие друг друга из-за ветхости, частых пожаров и войн. Повесть временных лет и Киево-Печерский Патерик сообщают, что первую наземную деревянную церковь соорудил в Ветхом (первоначальном) монастыре первый печерский игумен Варлаам перед 1062 годом. Потом ее превратили в кладбищенскую — там отпевали умерших монахов. До первой половины XVII века историки описывают храм как пяти- или семикупольный. Каменную церковь Рождества Богородицы построили в 1696 году на средства двоюродного брата гетмана Ивана Мазепы киевского полковника Константина Мокиевского. Храм с самого начала был семикупольным — к основному трехкупольному объему примыкали четыре угловые пристройки в виде часовен, тоже завершенных куполами. В начале XVIII века интерьер был украшен стенописью.
На террасу, где расположена церковь Рождества Богородицы, можно пройти через специально выстроенный в середине XVIII века корпус с аркадами. Иоганн Готфрид Шедель, автор Большой лаврской колокольни, связанный с Лаврой договором, обязан был давать все указания по всему новому строительству. Вероятно, он проектировал и новый корпус. Аркады, покрытые односкатной кровлей, опираются на колонны приземистых пропорций, что создает приятное впечатление уюта. Задняя стенка аркады служит подпорной стеной террасы храма. Тогда же, в середине XVIII века, крышу церкви покрыли белым железом, а купола позолотили.
Аркада и церковь Рождества Богородицы. 1980-е годы
Иконостас церкви Рождества Богородицы в стиле рококо был сооружен в последней четверти XVIII века. Его украшали чеканные серебряные царские врата работы мастера Григория Чижевского. Они весили более двух пудов, а на позолоту пошло 66 червонцев. Сейчас эти царские врата находятся в Коллекции Гилбертов лондонского музея Сомерсет Хаус. Еще в начале XIX века стены церкви заново расписал в стиле академизма киевский художник Иван Квятковский. Во время Второй мировой войны росписи сильно пострадали и были переписаны современными мастерами во время реставрации в конце 1960-х годов.
Возле храма Рождества Богородицы располагается монастырское кладбище, часто называемое по имени церкви Рождественским. Большинство погребений относится к XIX веку. Там нашли вечный покой духовные и светские лица: архимандриты Лавры Амвросий и Антоний, генерал-майор Платон Голубцов с супругой, начальницей Киевского института благородных девиц, Екатериной, герои Отечественной войны 1812 года генералы Паисий Кайсаров и Афанасий Красовский, полководец Фабиан фон дер Остен-Сакен, в 1815 году бывший военным комендантом захваченного русскими Парижа, и многие другие. На Рождественском кладбище находится и могила Предстоятеля УПЦ Блаженнейшего Митрополита Киевского и всея Украины Владимира (Сабодана), почившего в 2014 году.
Колокольня на Дальних пещерах. 1910-е годы
Самой красивой постройкой на Дальних пещерах да, пожалуй, и на всей территории Нижней лавры считается колокольня. Она была заложена в середине XVIII века, однако быстрому завершению работ помешала война с Пруссией и Англией. Для строительства срыли часть оборонительного вала, и в середине XIX века колокольня вошла в систему новых оборонительных стен Печерской крепости, опоясавших территорию Нижней лавры. Кстати, бастион Печерской крепости, охватывавший территорию Дальних пещер, по имени церкви назвали Рождественским. Строительство колокольни продолжалось десять лет, руководил работами лаврский архитектор Степан Ковнир. Сооружение имеет 41 метр в высоту, в нижнем ярусе устроены ворота проезда, стены по углам укреплены контрфорсами. Колокольню украшают белоснежные колонны с многоступенчатыми карнизами и прекрасная лепка по голубому полю. В обрамлении растительного орнамента выделяются оконные проемы и медальоны с живописью. Купол изысканной формы, шпили-обелиски с навершиями-рипидами по углам. Позолота всех завершений украшает и колокольню, и весь ансамбль над Дальними пещерами.
На террасе Дальних пещер находится современный памятник просветителям Кириллу и Мефодию, основателям старославянской письменности. Между холмами Дальних и Ближних пещер благоухает знаменитый лаврский розарий.